UNH - Unité de Nutrition Humaine
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G
Franck Giacomoni
Giacomoni Franck
franck.giacomoni@inrae.fr
04 73 62 47 72
INRAE
PFEM
Ingénieur de recherche et expert bioinformatique et ingénierie logicielle pour la recherche en métabolomique et nutrition de précision

Activité de recherche

Franck Giacomoni (FG) est ingénieur de recherche à INRAE et contribue aux activités de l’unité de Nutrition Humaine (UNH) depuis 2018. Il possède plus de 15 ans d’expérience en métabolomique académique et en biologie computationnelle. Fort de ses fonctions de chef de projet et de responsable de l’unité INGENUM (UAR1413), il conçoit et met en œuvre des infrastructures informatiques dédiées au stockage, au calcul et aux environnements de recherche virtuels, avec un accent particulier sur les approches de science des données appliquées à la métabolomique.

Impliqué dans de nombreux projets nationaux et européens, FG a notamment coordonné Workflow4Metabolomics (W4M), un portail international dédié à l’analyse reproductible des données métabolomiques. Il a également piloté le développement de bases de données telles que PhytoHUB et PeakForest, facilitant l’annotation et l’intégration de données omiques complexes. Membre du comité exécutif de l’infrastructure nationale MetaboHUB, il coordonne des actions autour des infrastructures numériques et de la diffusion de données FAIR. En tant que représentant français au sein d’ELIXIR, il dirige un programme de recherche (2024–2028) visant à renforcer la reproductibilité et l’interopérabilité des flux de travail en métabolomique. Au sein de l’équipe VARIAe, ses travaux portent sur l’intégration de méthodes d’intelligence artificielle (notamment NLP et LLM) et sur la valorisation des données ouvertes liées, afin de structurer des bases de connaissances innovantes pour l’interprétation des données métabolomiques et le développement d’outils en nutrition personnalisée.

Publications

Franck Giacomoni, Gildas Le Corguillé, Misharl Monsoor, Marion Landi, Pierre Pericard, et al..Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics. Bioinformatics, 2015, 31 (9), pp.1493-1495. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu813

Maxime Delmas, Olivier Filangi, Nils Paulhe, Florence Vinson, Christophe Duperier, William Garrier, Paul-Emeric Saunier, Yoann Pitarch, Fabien Jourdan, Franck Giacomoni, Clément Frainay, FORUM: building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases, Bioinformatics, Volume 37, Issue 21, November 2021, Pages 3896–3904, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab627

Paulhe, N., Canlet, C., Damont, A. et al. PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management. Metabolomics 18, 40 (2022). https://doi.org/10.1007/s11306-022-01899-3

Witting, M., Malik, A., Leach, A. et al. Challenges and perspectives for naming lipids in the context of lipidomics. Metabolomics 20, 15 (2024). https://doi.org/10.1007/s11306-023-02075-x

Hajjar, G., Giacomoni, F., Umec, M. et al. Metabolite names and identifiers: how far are we from interoperability?. Metabolomics 22, 28 (2026). https://doi.org/10.1007/s11306-026-02404-w

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