Ingénieure d'étude - Bio-informaticienne

Mes missions sont réparties 50% pour la plateforme d'exploration du métabolisme et 50 % pour des missions transversales unité.
Pour la première, mes activités s’inscrivent dans le projet MetaboHUB, avec la mise en place de standards permettant l’interopérabilité (ontologies, web sémantique) des ressources au niveau de la communauté nationale métabolomique et internationale. Je m’intéresse aussi au développement de stratégies de reconstruction, de méthodes pour l’analyse et la visualisation des réseaux biologiques et de connaissances.
Pour la seconde, j’anime de manière collégiale le collectif bio-info. Je suis amenée à gérer et développer des systèmes d'informations pour les données omiques (phénotypiques, métabolomiques, ...) des axes de recherche transversaux de l'unité (nutrition personnalisée). En particulier, pour le management sécurisé de données de santé, l’implémentation et le suivi de questionnaires pour des études épidémiologiques (RedCap).

Je suis Référente Données Opérationnelles (RDO) pour sensibiliser à la démarche Open Data, accompagner à la rédaction de plan de gestion de données (PGD ou DMP) et accompagner les agents tout au long du cycle de vie de la donnée.

Principaux langage de programmation : Python, R, JavaScript, SPARQL

La liste de mes dernières publications : https://cv.hal.science/marie-lefebvre
• Jacob, D., Deborde, C., Lefebvre, M., Maucourt, M. and Moing, A. (2017) NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics, Metabolomics 13:36. doi:10.1007/s11306-017-1178-y
• Lefebvre, M., Gaignard, A., Folschette ,M., Bourdon, J., Guziolowski, C. (2021) Large-scale regulatory and signaling network assembly through linked open data, Database, baaa113, https://doi.org/10.1093/database/baaa113
• Filangi, O., Lefebvre, M. (2023) MetaSaurus : towards FAIR metabolomics analyses. Séminaire semantic linked data, Séminaire semantic linked data,
hal-04613582

Autres liens :
ResearchGate : https://www.researchgate.net/profile/Marie-Lefebvre
GitHub : https://mariebvr.github.io/marieBvr/