HOLOFISH

Coordinatrice : Karine Ricaud (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement)

Contact UNH : Sergio Polakof (IMPROVING)

Résumé

Afin d’améliorer la durabilité de l'aquaculture, les poissons carnivores tels que la truite arc-en-ciel doivent changer leur « menu » et passer d'un régime à base de poisson à un régime sans poisson notamment à base de régimes végétaux. Cependant, les performances de croissance des truites nourries avec un régime 100% végétal sont réduites en raison d'une diminution de la prise alimentaire et de l'efficacité alimentaire. De plus, chez de nombreux poissons nourris avec de la farine de poisson et de l'huile de poisson, l'apport alimentaire en glucides digestibles (CHO) peut améliorer l'utilisation des protéines pour la croissance et réduire les déchets azotés. Dans ce contexte, le projet HOLOFISH vise à étudier pour la première fois le remplacement partiel des protéines végétales par des glucides digestibles alimentaire chez des truites arc-en-ciel nourries avec un régime 100% végétal du premier repas au stade juvénile (6 mois) afin de tester les effets bénéfiques de l’apport de glucides digestibles dans un régime 100% végétal sur les performances de croissance des poissons. Nous caractériserons le rôle clé du microbiome intestinal pour comprendre l'utilisation métabolique des glucides alimentaires à travers des études multi-omiques (métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique). La réponse de l'hôte sera étudiée en analysant le métabolome plasmatique, par métatranscriptomique, des études épigénétique et la structure de l'épithélium intestinal afin d’avoir une vision complète de l’holobionte intestinal. De plus, une approche in vitro sera réalisée pour identifier les interactions microbiome-hôte en utilisant des cellules épithéliales intestinales de truite arc-en-ciel. Nous testerons les métabolites bactériens identifiés précédemment directement sur le changement d'expression des gènes du métabolisme, les activités enzymatiques et les changements épigénétiques des cellules épithéliales.

Partenaires

MIAT Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ; NUMEA Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ; GenPhySE Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement